Alohtone vrste su dospijevale na prostor BiH direktnim uticajem covjeka u cilju uzgoja ili spontano.
Od invazivnih vrsta u vodenim ekosistemima najprisutnije su vrste riba koje su dospjele iz kulture u slobodne vode ili spontano iz dodirnih rijeka i jezera. Prirodna i vještacka jezera su staništa koja invazivne vrste lako osvajaju. Invazivne vrste riba nalazimo u hidroakumulacijama Salakovac, Grabovica,
Svitavsko jezero, Gorica, Bilecko jezero na Trebišnjici, Buško jezero, hidroakumulacijama na rijeci Vrbas, te Višegradsko jezero, Perucac i Zvornicko jezero na rijeci Drini. U prirodna jezera (Prokoško; Kotlanicko, Orlovacko, Crno, Bijelo, Donje Bare, Gornje Bare, Štirinsko i Kladopoljsko na Zelengori; Veliko i
Blatno jezero, Crno i Bijelo jezero na Treskavici; Blatacko jezero na Bjelašnici; Uloško jezero u podnožju Crvnja; Boracko jezero ispod Prenja; Blidinje jezero u Dugom Polju; izmedu Cvrsnice i Vrana; Idovacko na Raduši; Šatorsko na Šator pl.; Kukavicko, Rasticevsko i Turjaca na Kupresu; te Veliko i Malo Plivsko jezero) invazivne vrste su dospjele prilikom poribljavanja, nakon cega su u mnogim promijenile sliku biljnog i životinjskog svijeta.
Krkuša Gobio gobio spada medu najznacajnije invazivne vrste riba kod nas. U toplijim hidroakumulacijma kao što su Bardaca, Hutovo Blato, Buško blato veoma je cesta babuška Carassius auratus gibelio. U neretvanskim hidroakumulacijama se pojavljuje i šaran Cyprinus carpio, koji dostiže izuzetno visoku brojnost populacija. Zbog nepažnje, iz mnogih ribogojilišta kontroli je izmakla i kalifornijska pastrmka, Oncorhynchus mykiss, dok je jezerska zlatovcica Salvelinus alpinus introducirana višekratnim poribljavanjima Neretve i hidroakumulacija. Invazivne vrste riba su u znacajnoj mjeri narušile strukturu ekosistema mnogih vodotoka. U posebnoj opasnosti se nalazi endemicni genofond, kao što je neretvanska mekousna pastrmka Salmothymus obtusirostris oxyrhynchus.
Dolaskom invazivnih vrsta danas su posebno ugrožene endemicne vrste kraških rijeka i ponornica kao što su Paraphoxinus metohiense i Leuciscys svallize.
Invazivne vrste (pdf)